Danau atau Tiwu Kelimutu di bagi atas tiga bagian yang sesuai dengan warna - warna yang ada di dalam danau. Danau berwarna biru atau"Tiwu Nuwa Muri Koo Fai" merupakan tempat berkumpulnya jiwa-jiwa muda-mudi yang telah meninggal. Danau yang berwarna merah atau"Tiwu Ata Polo" merupakan tempat berkumpulnya jiwa-jiwa orang yang telah meninggal dan selama ia hidup selalu melakukan kejahatan/tenung. Sedangkan danau berwarna putih atau "Tiwu Ata Mbupu" merupakan tempat berkumpulnya jiwa-jiwa orang tua yang telah meninggal.
Provinsi Nusa Tenggara Timur khususnya area Flores memang menyimpang potensi wisata yang sangat menarik. Selain Pulau Komodo, salah satu objek wisata andalan lainnya dari Flores adalah Gunung Kelimutu beserta Danau Tiga Warna di puncaknya.
Kelimutu merupakan gabungan kata dari "keli" yang berarti gunung dan kata "mutu" yang berarti mendidih. Menurut kepercayaan penduduk setempat, warna-warna pada danau Kelimutu memiliki arti masing-masing dan memiliki kekuatan alam yang sangat dahsyat, Kawasan Kelimutu telah ditetapkan menjadi Kawasan Koservasi Alam Nasional sejak 26 Februari 1992.
Untuk mencapai gunung Kelimutu anda dapat melakukan perjalanan udara dari Bali menuju Ende atau Maumere. Kedua kota tersebut juga dapat ditempuh melalui udara dari kota Kupang. Dari kedua kota tersebut perjalanan dapat dilanjutkan dengan kendaraan sewaan ke Kampung Moni sekitar 3 jam perjalanan. Kampung Moni adalah kampung terdekat dengan kawasan Kelimutu.
Pagi hari adalah waktu yang terbaik untuk menyaksikan Danau Kelimutu. Menjelang tengah hari, apalagi sore hari, biasanya danau diselimuti kabut yang menghalangi pandangan. Itu sebabnya para wisatawan biasanya bermalam di Kampung Moni dan baru berangkat ke Gunung Kelimutu dini hari. Kelimutu terletak sekitar 66 kilometer dari Kota Ende dan 83 kilometer dari Kota Maumere.
Untuk menginap di Kampung Moni terdapat sekitar 20 homestay yang dikelola penduduk dan cottage yang dikelola oleh pemerintah.
Danau pertama dan kedua letaknya sangat berdekatan, sedangkan danau ketiga terletak menyendiri sekitar 1,5 km di bagian Barat. Warna air dari ketiga danau tersebut berbeda satu sama lain dan selalu berubah dari waktu ke waktu terutama warna air Tiwu Nuwa Muri (duabelas kali perubahan dalam jangka waktu duapuluh lima tahun). Selain disebabkan oleh aktivitas gunung berapi Kelimutu, perubahan warna ini diduga akibat adanya pembiasan cahaya matahari, adanya mikro biota air, terjadinya zat kimiawi terlarut, dan akibat pantulan warna dinding dan dasar dana.